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三月，再调碛北地区六百万石入关中。
五月，苏、松、湖等府的吴江、归安等地昼夜倾盆大雨，水势骤发，霎时汹涌，不分堤岸，屋宇倾倒。
截至六月初十，因灾死亡二千四百六十人，失踪七千二百七十五人，紧急转移安置二百余万人，农作物受灾、绝收三千六百七十二万亩。
得知消息，朱常清发国库五百万两赈灾。
七月初二，南直隶上奏因江东水患倒塌房屋十六万间，损坏房屋四十二万余间，受灾人口七百六十八万余
初五，朱常清再发国库八百万两赈江东水灾。
八月初二，北方直隶、山东、河南、山西、陕西诸处常平仓告饥，朱常清令南洋协调二千万石北上，令渤海、大明、辽东三地秋收协调粮食一亿五千万石南下。
九月十五，山东遭遇蝗灾，山东布政司上奏：“蝗遍野盈尺，百树无叶，赤地千里”
十六日，朱常清令辽东走海运五百万石入山东平抑粮价。
十月，孙传庭京察北方诸司，杀贪腐赈灾款项之官吏一千二百八十六人，羁押官员五千四百八十人，吏员一十六万计数，请开吏考。
十月二十五日，朱常清批准科举、吏考于次年四月。
二十七日，朱常清批阅奏疏过多而不豫，病榻休养三日。
此时负责记载朱常清生活的起居注官王淼记载：“今上每日卯时起，子时眠，每日睡眠不过三个时辰，处理奏疏六百余份，累年如此。”
万历二年正月，大食民变平息，孙传庭京察南直隶。
三月，三千余官员遭孙传庭论罪，二万余吏员被捕，国子监举人、秀才补位一空，京察暂缓。
四月，科举与吏考如期举行，选调进士九百人，举人八千四百，吏员三十二万。
四月十七，祝续之孙祝祯中二甲进士，擢其赴任碛北布政司长山府同知。
同月，江东诸府大旱不雨，飞蝗蔽天，官令捕之，朱常清急调南洋粮八百万石平抑粮价。
六月，两京、山东、河南、浙江、湖广皆大旱，急调东北常平仓二千万石米麦南下平抑。
七月，北方蝗虫起，两京、山东、河南、湖广、陕西、甘肃、南直隶遭遇蝗灾，受灾耕地面积超五亿亩，受灾百姓超一亿。
朱常清调海内外常平仓粮入中原赈灾，东北及南洋、碛北皆无余粮，唯南洲北调粮五千万石北上。