西哥和秘鲁发现了银矿，于是，西班牙人将注意力集中到了美洲。
1564年西班牙人重返东方，他们占领了菲律宾中部米沙焉群岛的宿务，正式在菲律宾建立起第一个殖民地。574年，西班牙人又占领了吕宋的马尼拉，大力招福建商人和日本商人前往贸易。
西班牙人还开辟了马尼拉——阿卡普尔科航线，通过“大帆船贸易”，连接东南亚与美洲的贸易市场。
当时，西班牙商人从墨西哥阿卡普尔科港出发，携带大量银元到马尼拉，然后再到葡萄牙人控制的澳门购买以丝绸为主的中国商品，最后经马尼拉回到墨西哥的阿卡普尔科港。约一半的丝货将被运往欧洲，其余的则在西属美洲销售。
经过西方早期殖民者的努力，大航海时代的世界性的全球航运网就此成型。但是，随着西方殖民者陆续进入亚洲地区，明帝国与亚洲各国通过朝贡贸易建立起的“宗藩”关系已难以维持。同时，私人海外贸易迅速发展起来，明帝国禁而不止。
于是面对世界贸易的压力，再加上嘉靖后期，倭寇问题得到基本解决，海禁政策带来的种种弊端已为时人诟病，社会各阶层要求开禁的呼声也越来越高。
明帝国不得不顺应时代的要求，相应地开始调整僵化的海禁政策。隆庆元年(1567年)，明廷最终在福建漳州月港宣布部分开放海禁，准许私人海外贸易船申请文引，缴纳饷税，远贩东、西二洋(但因倭患不许去日本)。
月港开禁以后，明朝东南沿海私人海上贸易从地下转为地上，得到迅猛发展，出现一派繁荣局面。
这样，以澳门与月港两个不同性质的港口作为中国海外贸易的缓冲口岸，依赖澳门——日本、月港——马尼拉这两条重要的航运线平衡协作，东亚和东南亚新形势下的贸易格局被建立起来。
但这个贸易格局很快却因荷兰人的东来而遭遇严峻的考验。荷兰作为大航海时代的后起之秀，曾是西班牙的附庸国。自1556年西班牙国王查理五世传位菲利普二世后，尼德兰开始为争取独立而公开叛乱。
1579年，尼德兰北方七省联合起来，成立了乌得勒支联盟，它被认为是现代荷兰的开端。1580年，西班牙吞并葡萄牙，这引起了英国的惶恐，它开始以军事行动支援乌得勒支联盟。
1581年，乌得勒支联盟宣布独立，成立尼德兰七省联合共和国，简称荷兰。而西班牙无敌舰队则在1588年惨遭灭顶之灾，西班牙百年来的海上霸