根据散落民间大顺朝廷史料记载，大顺军在清点明朝朝廷的财物时，发现朝廷金库已经空虚，国家文物、文史档案、科技档案、永乐大典等朝廷藏书全部丧失。大顺军通过对明朝朝廷官员和京城市民得知，在大顺军入城前几个月，有成千上万的马车和牛车将朝廷的各种物资和人员运往天津港，这些物资和人员都乘坐海船去了日本、琉球或南洋，甚至有人说，崇祯皇帝也逃跑了，那个吊死鬼是一个替身。这说明，有海外势力在有组织有计划地帮助明朝朝廷人员和物资出逃，这些海外势力肯定是欧洲和美洲的洪门、共济会和光明会等秘密社党。
顺治元年(大顺永昌元年，1644年)四月七日，满洲贵族调满、蒙、汉兵，几乎倾巢出动，由摄政王多尔衮率领南下。此次清军的行军路线，计划仍采用过去入关南下的路线，即绕过山海关，由长城突入。四月十五日，清军进至翁后(今辽宁阜新附近)，接到镇守山海关的明辽东总兵吴三桂的“乞师”书，立刻改道向山海关进军，清军在明朝将领吴三桂的带引下大举进入山海关内。山海关，依山临海，形势险要，是明长城东部的”个重要关口。
吴三桂在李自成起义军攻入北京时，他已率精锐入山海关，李自成曾对其招降，不允，双方发生激战。顺治元年(1644年)四月二十一日，大顺军数千骑兵进逼山海关西罗城下，城北翼一支明军起义归顺李自成，山海关城陷在即。
顺治元年(大顺永昌元年，1644年)四月二十二日，清军疾驰至山海关，吴三桂开关迎入。在吴三桂与清兵两军合力下，李自成起义军寡不敌众，只好撤退，于是山海关大门洞开，清军大批进关驰入中原。
清兵进关后，见大顺军从北山至海边排列成一字长蛇阵，多尔衮即令清军沿近海处鳞次布列，吴三桂军排列于清军的右边，采取重点突破战术。这时正值大风扬尘，能见度很低，清军得以从容布阵。少顷，风止，多尔衮一声令下，清军呼啸出击，万马奔腾，飞矢如蝗。大顺军虽拼死抵抗，但强弱易形，兵员同吴三桂军已鏖战一昼夜，面对以逸待劳的清军很快就被击败，阵容大乱，大将刘宗敏也负了伤。李自成立马小岗阜上见败局已定，下令急速撤退。行至永平府范家店时，李自成决定将吴襄处斩。二十六日，回到北京，又杀吴三桂家属三十四口，可见李自成对吴三桂的勾引清兵、叛变欺诈极为痛恨。而吴三桂却在山海关战役刚刚结束就率领关辽军民剃发降清，由多尔衮承制封为平定王。
大顺军败回北京以后