)向全国颁布登基诏书，清王朝正式定都北京，开始了以北京为都城的长达260多年的统治。
顺治元年(1644年)十月，清军分南北两路进攻大顺军：北路由英亲王阿济格、吴三桂、尚可喜率领经大同、榆林、延安南下，南路由豫亲王多铎、孔有德率领经河南进攻潼关。同时，肃亲王豪格率领的一部清军业已占领河南、山东一些地方。翌年(1645年)正月，多铎在潼关击败大顺军，李自成率主力连夜撤回西安。潼关为清军所占，入陕门户洞开。阿济格部清军进入陕北后，以一部分兵力围攻据守榆林、延安的李过、高一功部大顺军，自己领兵南下西安。自此，李过、高一功部被切断了往西安的退路，被迫放弃陕北，取道汉中，由四川入鄂。在清军两路重兵合击下，李自成不得不放弃西安，取道商洛、豫西，转入湖广襄阳。
占领西安后，清廷命多铎部东进南京，摧毁弘光政权，命阿济格部继续追击大顺军。此时，50万大顺军已是军心涣散、纪律松懈、指挥混乱，在清军追击下，在襄阳、九江等地连败十三仗，丧失了全部辖地。五月，李自成率兵一部退至湖北通山县九宫山时，遭当地地主武装袭击，不幸牺牲，大顺政权遂而瓦解。其余部30余万后来在李过、李来亨等领导下与南明政权联合，继续抗清，最后于康熙三年(1664年)失败。
张献忠的大西政权由于地处四川一隅，对全局无太大影响，所以清廷在摧毁大顺政权和弘光政权之后，开始把注意力转向割据一方的大西军。顺治三年(1646年)，豪格率清军由陕西入川，征讨“大西”政权。十一月，清军对张献忠在西充的大营发动了凌厉的攻势，农民军兵败如山倒，张献忠也在此役中中箭身亡。大西政权随之瓦解。其余部在孙可望、李定国领导下南走云贵，逐步走上联明抗清的轨道，成为永历朝的军事支柱。后来孙可望投清，李定国继续斗争，坚持到清康熙元年(1662年)，最后失败。
明朝灭亡后，福王朱由崧监国南京，后即皇帝位，改元弘光。在面临战争这个关系命运存亡的问题上，也是举足失措。他们天天讲“讨贼”、喊“中兴”，报君父之仇，把主要危险和敌人看成是李自成和张献忠等农民军，以全力防御。其实他们对北方的情况一点也不了解，还看不到威胁南明存亡的已不是农民军，恰恰是清政权。六月间，史可法在款清灭寇疏中，还强调：“目前最急者，无逾于办寇矣。”事实是，农民军已被清、吴军击败，退到陕西后，一蹶不振了。而清已据有北京及其畿辅地区，