综合考虑，李纯决定按照立长立贤的原则，在夏原迁都后不久，也就是元和十一年三月，正式册封长子李宁为太子。为了锻炼李宁，李纯有意让他参加处理一些政务，还派人带他到一些地方游历，增长见识。
李宁的表现还不错，在大臣面前相对谦虚，从来不摆架子，做事认真，有点像储君的样子。可能是因为有些隐疾的原因，李宁的身体不太好，李纯对此有些担心。
元和十二年十二月，洛阳到夏原的铁路在热火朝天的建设，李纯就想到夏原城北的施工现场视察一下，想着带上太子李宁，一起去查看一下铁路进展情况。宫人突然报告说，太子李宁病重，李纯赶紧起驾向东宫赶去。
到了东宫，只见太子处于昏迷状态，有两三个太医在守着，太子的母亲纪妃也赶来了，坐在那里哭哭啼啼。
李纯赶忙询问情况，太医报告说，太子的心脏有些问题，可能有梗塞的情况，目前脉搏微弱，生命垂危，形势很不好。李纯感觉像天塌了一样，急忙下令太医们想尽一切办法，抢救太子的性命。
几个太医尝试了各种办法，又是喂药，又是按压，忙到晚上，还是回天乏力，太子李宁最终失去了气息，宣告死亡。
纪妃哭的死去活来，李纯也是悲伤不已，自己最看好的长子，居然就这样突然走了。自己开创的大唐盛世，还需要人去继承发扬，一个孩子刚成年不久，正是干事业的黄金年龄，没有任何预兆就撒手人寰。
李纯宣布罢朝三日，命令礼事部给太子办了隆重的葬礼，葬完李宁后，李纯心情颓废，度过了一个压抑的春节。
到了元和十三年春，李纯仍然兴致不高，本想把政务委托给李吉甫，自己清闲一段时间。没想到崔群来报，李吉甫病了，病的还挺厉害，无法上朝，请求皇帝让别人代理左丞一职。
李纯有点蒙圈了，怎么霉运连连，身边人接连遭难，赶忙到李吉甫的府上探视。
李纯刚即位的时候，李吉甫正好从地方州刺史的岗位入朝为官，在任上非常勤勉能干，做事细致认真，各种数据、资料熟记于心，还专门编著了元和郡县图志，此书成为李纯为了解唐朝情况的重要典籍，也为朝廷施政提供了依据。
在李纯心中，李吉甫超越所有的大臣排在第一位，自他担任左丞以来，协助李纯办了不少大事，他对很多事情的看法甚至和李纯心意相通，君臣之间配合的非常好。
很多事，李纯只是交代了一下，李吉甫就会带人认