。突然一道银河从海面升起，跨越海面附近的宝可梦也纷纷迎了过去。
最后三神鸟各自回归到自己的岛屿，洛奇亚也将小智带回了海神岛。
“就把我当作传说的存在吧，这对于宝可梦世界来说也是一件幸福的事情。希望之后再没有人来打扰它们了吧。”
洛奇亚和众人告别后，腾空飞起最后一头扎进了海底。此时花子阿姨和大木博士也纷纷赶了过来。
“小智！小智！你们有没有事！”
“妈妈？你怎么过来了？大木博士怎么你也在？”
小智看到花子一脸怒气冲冲的跑了过来，吓得连连后退。
“小智我都看到了，你怎么可以这么冲动！做这么危险的事情！”
“花子阿姨你别生气，小智这次可是拯救了很多人呢。”
小霞在一旁替小智辩解道。
“哪有怎么样，你还是孩子！怎么可以赌上性命去拯救世界，要是你不在了，没有小智的世界。你要妈妈怎么活！”
花子越说越激动，眼中的泪水也止不住的往外流。众人一时间也不知道该怎么劝说了。
小智也被妈妈的一番话给镇住了，只能向花子抱在以后不会再这样了。花子才止住泪水。
花子阿姨最后和大木博士一起返回了真新镇，
小美也再次驾驶她的快艇，踏上了新的旅途。河马王回到了海神岛的一个洞穴中开始新的守护。
小智他们也和芙芦拉他们进行了告别，他的橘子群岛的挑战还没有结束。坐在拉普拉斯的背上朝着下一座岛屿出发！
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