郑朝廷之后，标准着清军对明朝的战争结束了。
明朝残余全部剿灭后清军进行了十几年的休整，清康熙三十五年(1696年)清朝对蒙古的莫多之战爆发，清军在昭莫多以伏击大败卫拉特蒙古准噶尔军的关键一战，昭莫多之战是清军击败噶尔丹军的关键一战。
蒙古准噶尔部首领噶尔丹自乌兰布通之战败归后，在科布多重整旧部，又从沙俄处购买枪炮，经过几年经营，逐渐恢复元气。康熙三十四年(1695年)，噶尔丹再次发兵2万攻打喀尔喀蒙古，随后沿克鲁伦河一路东犯，进抵巴颜乌兰(今蒙古国温都尔汗西)。当年11月，康熙决定再次亲征讨伐，彻底解决漠西蒙古之患。按照康熙的进军计划，清军一共兵分3路：黑龙江将军萨布素率东路军9000人，出兴安岭沿克鲁伦河西进；抚远大将军费扬古、振武将军孙思克率西路军4.6万人，分别自归化(今内蒙古呼和浩特)、宁夏等地出兵，沿翁金河北上断其退路；康熙亲率中路军3.4万人，出独石口(今河北沽源南)，经克鲁伦河上游北上。一切布置停当后，激战半日，准噶尔军未能冲破战阵。噶尔丹腹背受敌，全军崩溃瓦解，其妻阿努被火枪打死。清军趁夜追杀30里，至特勒尔济口方收兵，一路斩杀3000余人，收降千余人，俘获牲畜6万余头，噶尔丹仅率数十骑逃走。于次年5月3日服毒身亡。
从此，噶尔丹势孤力穷，历时近10年的叛乱终于得以平定。喀尔喀地区重新统一于清朝。噶尔丹在漠北以逸待劳，形势原为有利；清军劳师远袭，形势原本不利，但交战结果，清军却大获全胜。这一胜一负，双方在作战方面均有其深刻的经验教训。
征服蒙古势力，控制漠北和西域后，清朝征服西藏的战争打响，清安定西藏之战是康熙五十六年(1717年)至五十九年(1720年)，清军击败占扰西藏的准噶尔部，征服西藏的重要战争。
康熙二十一年，西藏五世达赖喇嘛罗桑嘉措逝世，第巴桑结嘉措秘不发丧，窃据重权。十五年后，即康熙三十六清廷才发现这一阴谋。同年十月，册封六世达赖喇嘛仓央嘉措，仍由桑结嘉措任第巴，管理政务。统治西藏的另一政治势力代表为准噶尔和硕特汗。
康熙四十年，和硕特拉藏汗继位。为争夺西藏大权，拉藏汗与桑结嘉措的矛盾日益激化，终于引发出一场军事冲突。康熙四十四年七月，桑结嘉措兵败被杀，拉藏汗控制了西藏。拉藏汗经清廷批准，选立益西嘉措为六世达赖喇嘛。然而，青海各蒙古台吉另选立