里塘(今四川理塘)的噶桑嘉措为六世达赖。于是，双方发生真假达赖之争，实际上反映出各派政治力量的激烈斗争。
康熙四十八年，康熙帝派户部侍郎赫寿到西藏，协同拉藏汗处理西藏政务，此为设置驻藏大臣之始。四十九年，清廷正式册封拉藏汗选立的益西嘉措为六世达赖喇嘛。五十五年，年又将青海众台吉选立的噶桑嘉措安置在塔尔寺(今青海湟中)。历经多年的真假达赖之争，表面上告一段落，实际上激流暗涌。准噶尔部首领策妄阿拉布坦乘噶尔丹与清军作战时，迅速发展力量，又因从征噶尔丹有功，被清廷信任，清廷将噶尔丹的部众全部交给他，并准其在阿尔泰山以西地区游牧。准噶尔遂发展为西域大部落。准噶尔部与和硕特部素有矛盾，策妄阿拉布坦对和硕特部拉藏汗控制西藏早就心怀不满，见拉藏汗与青海诸台吉为真假达赖争论不已，便决意趁机出兵。策妄阿拉布坦先娶拉藏汗之姐为妻，又赘拉藏汗之子为婿，使拉藏汗放松对他的戒备。
康熙五十四年，策妄阿拉布坦犯掠哈密，企图打通由新疆东部经青海入藏的道路。康熙帝立即命将军富宁安带兵前往拦截；征喀尔喀蒙古兵集结在归化城(今内蒙古呼和浩特)，准备出击；命右卫将军费扬固总理军务。当年八月，富宁安率军到达巴里坤。策妄阿拉布坦将哈密等地劫掠一空而去。应富宁安建议，清军在哈密、巴里坤等地募兵屯田，以备边警。清廷另命青海诸台吉选调兵马，屯于噶斯湖畔(今青海油砂山西南)，阻断由青海入藏之路。策妄阿拉布坦见清军于东面加强防御，便决定由西面入藏，即由伊犁(今新疆伊宁)经阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌(今新疆莎车)、和阗(今新疆和田)等地，绕沙漠，翻雪山，进入西藏。
康熙五十五年十月，策妄阿拉布坦以护送拉藏汗之子噶尔丹丹衷夫妇回藏省亲为名，派大策零敦多布等率6000兵，向西藏进发。他们昼伏夜行，于次年七月到达西藏北部的纳克产(今西藏奇林错东南，加林错东北)地区，顺利通过腾格里海天险，直趋达木(今西藏当雄)。防守达木的藏军与准噶尔兵发生激烈战斗。拉藏汗正欲亲自往达木迎接亲人，却得知达木已成为战场，便仓猝调集军队，在达木一带阻击敌人。双方于达木相持两个月后，藏兵抵挡不住，于十月八日退至拉萨。
十月三十日深夜，大策零敦多布围攻拉萨，第二天，攻入城内，杀死拉藏汗，拘押达赖喇嘛，抢掠各庙宇，将贵重物品运回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布，在西藏组成以达克咱(即达改哇拉