大的提高，经济的发展也需要一批具有新知识新技能的人才，必须要进行更加全面的教育改革。
李纯经过思考，决定先进行机构改革，争取一次改革到位，不再保留任何闲散机构，在机构改革中组建教育部，而后由教育部负责开展教育领域的大改革。
首先，礼部既要管重大活动，又要管教育，造成主业不清，同时太常寺也分管一些礼仪活动，与礼部的职能造成交叉，可以把礼部教育的职能剥离出来，单独成立教育部，负责全国教育事业的发展，把太常寺全部人员和职能并入原来的礼部，负责所有的礼仪活动。
国子监的职能不变，为朝廷培养和选拔人才的地方，新考入的进士都要在这里进行为期一年的行政、科学、经济、法律等方面知识和能力的培养。
其次，司农寺所管的农业和都水监所管的水利密切相关，两个小部门可以合并成为一个大部，称为农水部，既减少了一个部门，又可以有利于农业和水利的协调推进。
户部的职能相对太多，应该分成两个部门，一个是财税部，专门负责财政管理和收取赋税，集中精力管好国家财务；一个是民政部，集中负责户口、婚丧、宗教、民族事关百姓的各类基础事务，特别是处理好新征服地区少数民族的融入问题。
工部的职能也要进行分解，成立建设部，专门负责国家大项工程的建设，对民间的各类工程、房屋建设进行管理；成立交通部，负责道路建设、修建铁路，水运、海运也要管起来；将科工部的建筑司抽出来给建设部，把交通司抽出来给交通部。
对科工部剩余的机构进行重组，在科技司的基础上组建科学司、技术司，其中科学司加挂科学院的牌子，负责科学知识的推广，搜集一些科学理论和技术专家加入科学院，技术司则重点负责每年科学大会的筹办，推广重要的使用的技术。新的科工部包含火器司、战船司、科学司、技术司，集中精力负责军事工业和科技发明的推广。
大理寺、刑部、御史台也要进行重整，大理寺改为审判院，专门负责重要案件的审理判定；刑部改为司法部，专门负责社会治安和各类法律的制定；御史台改为监察院，专门负责对公职人员的监督、调查和公诉。
吏部改为人事部，不再局限于管理官吏，对其他公职人员都要管理，对全国的官员和公职人员进行总量控制，防止财政供养人员过多、过滥。
太仆寺负责马政主要和兵部征用战马有关，主要职能并入兵部，在兵部成立