军马司，关于民间养马和养畜的职能并入农水部。卫尉寺作为京师卫戍区实际上就是一支保卫功能的部队，可改为卫尉军。
李纯考虑成熟以后，就和李吉甫、武元衡等朝臣商议自己的改革方案，李吉甫等人感觉这又是一个大动作，对行政机构改革的力度非常大。
朝臣们觉得，这次行政机构改革，新组建了好几个部门，增加了很多确实需要的职能，自然也增加了官位，自然赞成。
李纯即位以来，所做的很多事情刚开始大家看不懂，但是后来都逐步发挥了巨大效果，藩镇问题解决了，国力富强了，对外战争连续获胜，大家对李纯的眼光和能力有了客观的认识，所以这次机构改革获得绝大多数人的同意，一致通过。
经过改革，名义上归尚书省管辖的部变成了13个，分别为：礼事部、教育部、人事部、军事部、科工部、农水部、财税部、民政部、工商部、外事部、建设部、交通部、司法部。
审判院、监察院单独设置，主官为为正三品的正使，两院相当于正部级单位，直接对皇帝负责，保证办案不受干扰。
卫尉军、国子监均为正四品副部级单位，卫尉军主管京师卫戍，比较重要，直接对皇帝负责；国子监主要负责人才的培养，与教育密切相关，可由教育部代管。
原来隶属于太常寺的钦天监，相当于一个正五品的司级单位，主管天文、历法事务，也涉及到气象、地震等事务，可以划归新的礼事部管理。
中书省不直接管辖各部门，但实际上为朝廷政务的核心机构，左右丞带三个光禄大夫，负责朝廷日常事务的处理，向皇帝提出建议，并按照皇帝的意见下达各类政令。把翰林院作为中书省的辅助办公机构，设为正四品副部级单位，相当于中书省的办公厅。
门下省作为对中书省监督单位，对于其政令进行审查，对于其不合适的部分提出意见，对于朝廷的施政方针也可以单独提出意见，相当于朝廷顾问的角色。
枢密院作为皇帝的私人办公机构，为正三品正部级单位，设置秘书司(文案和值班)、宗正司(管理宗室)、察访司(调查私访)、廷卫司(御林军)、太府司(皇家后勤)，枢密院专门处理与皇帝、宗室密切相关的事务，避免与朝廷事务搅在一起。
内侍监单纯作为皇宫内部的管理机构，为正四品副部级单位，只负责宫廷内的各项事务，宫外的事务一律不得干预，杜绝宦官干政的机会。
经过这次改革，行